По рассказу Ю. Т. Лысенко, когда на заседании правительства, где обсуждалось присвоение званий Героя Социалистического труда, своих кандидатов предложила Академия наук СССР, Сталин, который вёл заседание, осведомился: "Лысенко в списке есть?" Представитель академии, смутившись, ответил: "нет". "Включить", распорядился Сталин. Кто-то из собравшихся спросил: "за что?" Имелось в виду, понятное дело, уточнение формулировки к постановлению о награждении, но Сталин подумал, что ему возражают, и возмущённо воскликнул: "Как это — за что?? Да хотя бы за заготовку проса — мы всю войну кормили армию этим просом!"
В сентябре 1945 года Т. Д. Лысенко был награждён ещё одним орденом Ленина.
Таков основной вклад академика Т. Д. Лысенко в решение задачи производства зерна и других продовольственных и технических культур в период Великой Отечественной войны. Этот вклад велик, и он был достойно оценён сталинским руководством страны в военное и послевоенное время.
Определённым контрастом к работам Т. Д. Лысенко в 1941-1945 гг. выглядели тогдашние "достижения" некоторых "академических учёных"-биологов, которые и во время войны продолжали заниматься, с целью развития мировой науки, столь полюбившейся им "мушиной" тематикой.
В наше время вклад, внесённый Т. Д. Лысенко и его коллегами в организацию работ по обеспечению продовольствием Красной Армии и населения, включая его личные научные исследования, был отмечен во № 2 журнала "Вестник Россельхозакадемии" за 2005 год, посвящённом 60-летию победы в Великой Отечественной войне. В статье "Работа Академии в военное время" к. и. н. А. Мирошниченко, начальник отдела документального обеспечения (научного архива) Россельхозакадемии, писал: "Исторические архивные документы свидетельствуют о том, что Академия <ВАСХНИЛ> в военное время справилась со стоявшими перед ней задачами. Институты выполнили много научных исследований, предложили разработки, внедрение которых в совхозах и колхозах дало возможность в кратчайшие сроки увеличить производство продовольствия и сельскохозяйственного сырья в Восточных районах страны, а также в районах, освобожденных от немецкой оккупации".
И. А. Бенедиктов, нарком (позже министр) земледелия СССР в 1938-1959 гг.:
Я хорошо знал Трофима Денисовича Лысенко, его сильные и слабые стороны. Могу твёрдо сказать: это был крупный, талантливый учёный, много сделавший для развития советской биологии.
М. В. Алексеева, доктор с.-х. наук, ректор Мичуринского сельскохозяйственного института:
Вся жизнь академика Т. Д. Лысенко — учёного, биолога — была посвящена познанию и раскрытию закономерностей взаимоотношения живой природы, в том числе культурных растений, с условиями среды. Его теоретически обоснованные предложения проверялись и широко внедрялись в сельское хозяйство. Потомственный крестьянин, он хорошо знал и любил землю. Ни одна из его рекомендаций не принесла вреда или была бесполезна, наоборот, они способствовали улучшению экологической обстановки.
Ф. Т. Моргун, доктор с.-х. наук, в 1973-1988 гг. первый секретарь Полтавского обкома КП Украины, Герой Социалистического труда:
В том, что Т. Д. Лысенко — честный, высокопорядочный человек, большой учёный, который много сделал для советской и мировой сельскохозяйственной науки, глубоко были убеждены академики Ремесло, Кириченко, Лукьяненко, Пустовойт, Мальцев — его ученики. Они мне многократно говорили лично, что глубоко уважали Трофима Денисовича, без его поддержки и помощи не состоялись бы как учёные.
Дж. Б. С. Холдейн, член Лондонского Королевского общества с 1932 г.; в 1933-1957 гг. профессор Лондонского университета, заведующий кафедрой генетики; в 1932-1936 гг. президент Генетического общества; с 1932 г. второй, с 1945 г. главный редактор "Journal of Genetics":
У меня часто спрашивают, что я думаю о Лысенко? Ну что ж, я отвечу. Я считаю, что Лысенко очень хороший биолог и что некоторые его идеи правильны. Однако в то же время я считаю, что некоторые идеи Лысенко ошибочны и весьма ошибочны, что, конечно, могут сказать и обо мне и о любом другом биологе.
Р. Левине, Р. Левонтин, американские генетики
1948-1962 годы, период господства лысенкоизма в советской агробиологии, в действительности являлся периодом самого быстрого роста урожайности!.
П. Ф. Кононков, доктор с.-х. наук, заведующий лабораторией интродукции и семеноведения Всероссийского НИИ селекции и семеноводства овощных культур:
В 1920-30-х гг. в СССР (южных районах РСФСР и на Украине) широко возделывались различные сорта озимых мягких пшениц. Уровень урожайности их в те годы колебался в пределах 15–20 ц/га. Когда же селекционер П. П. Лукьяненко применил мичуринскую методику географически отдалённого скрещивания, а В. Н. Ремесло — разработанный Т. Д. Лысенко способ создания новых сортов озимых путём переделки из яровых, то их урожайность повысилась в 3–5 раз.
..."Вполне убеждённо свидетельствую: заслужить доверие Сталина можно было исключительно реальными результатами при выполнении крупных, ответственных, истинно государственных задач, и ничем кроме"
Н. К. Байбаков, министр нефтяной промышленности СССР
Делались и иные — отрицательные — оценки значимости научных и практических работ академика Т. Д. Лысенко. Многие критики Т. Д. Лысенко не разделяли его философские и методологические принципы — в особенности, главную концепцию мичуринской биологии о влиянии условий жизни на наследственность (направленного изменения наследственности) растений и вообще живых организмов. Другие негативно относились к ориентации Т. Д. Лысенко (и, соответственно, возглавлявшихся им сельскохозяйственных учреждений) на ускорение производства сельскохозпродукции в СССР, а не на "развитие мировой науки". Некоторые критические публикации о деятельности Т. Д. Лысенко исходили из кругов околонаучной "либеральной общественности" и имели идеологический характер. Такие публикации, в ряде случаев, не брезговали вымыслами, а то и прямой клеветой.